Поставил себе в качестве эксперимента и на корень и на домашнюю. Замечу, что немного дольше стала загрузка (из-за проверки фс), и при установке пакетов каждый раз делается снимок системы (вот не помню - это родная опция системы или появилась после установки какой-то утилиты).