Я удалял раздел с помощью GParted перед установкой системы заново. Помню, что установщик ещё спрашивал тем не менее - удалить ли ему раздел, хотя на диске не оставалось ни одного раздела вообще. Меня это смущало, но особого внимания этому факту не придавал - ведь при установке раздел создаётся с нуля и форматируется. Думал что это никак не может повлиять на систему.
